台灣有衛生行政機關，始於日本據台之初，台灣總督府民政局先後設衛生事務所及衛生課，縣無專設衛生機構。民國九年「日大正九年(西元1920年）」地方官制再改革，台北改為州，於警務部設衛生課，置衛生技師，警察，衛生技手等，掌理境內衛生行政事務。淡水置郡，衛生行政，由郡警察課司之。此外，在淡水街設有淡水傳染病隔離舍。
    
    光復之初，台北縣衛生行政機關，接管台北州警務部衛生課及其附屬機關，仍稱衛生課。根據內政部公布之縣市各級衛生組織大綱之規定，縣設衛生院，鄉鎮設衛生所。台北縣衛生院，係於民國三十五年五月十五日成立。三十六年一月於淡水設立衛生分院 ;三十八年設縣立淡水區婦嬰保健所。

淡水區衛生所係於民國三十九年五月成立於淡水鎮協元里中山路76號，隸於縣衛生院，並受鎮長之監督，辦理各鄉鎮有關衛生保健事項。民國六十三年改直屬於台北縣政府衛生局；於民國七十年搬遷至協元里中山路158號;目前進行改建工程案 ,臨時辦公室設於淡水鎮中山路137-1號於95年5月20日搬回協元里中山路158號舊址。

淡水區衛生所自民國三十六年一月於淡水設立衛生分院;三十八年設縣立淡水區婦嬰保健所。淡水區衛生所係於民國三十九年五月成立於淡水鎮協元里中山路76號，隸於縣衛生院，並受鎮長之監督，辦理各鄉鎮有關衛生保健事項。民國六十三年改直屬於臺北縣政府衛生局，民國七十年搬遷至中山路158號現址。由於原有的建築物自民國70年啟用迄今已有二十多年，原場地除外觀老舊外，內部空間亦顯得狹小且動線不良，不敷服務民眾使用，於民國九十年起進行改建工程案,歷經三年多努力，並於主辦機關衛生局指導下擬定重建計畫，經行政院衛生署國民健康局審核同意補助經費並與臺北縣政府對列撥款，民國九十三年完成工程發包原地重建，九十四年十一月完工並於九十五年五月二十日辦理啟用典禮正式啟用，而後民國九十七年四月淡水鎮公所於衛生所正門前設立衛教公園，不但提供民眾一個良好的活動空間，也綠化了淡水鎮衛生所整體的環境美化，在全體本著｢主動積極，以客為尊，務實盡責｣的服務理念下，力求在醫療、保健、衛生、環保各方面，提供更專業、更多元的服務品質，成為培育健康的搖籃。 衛生所是政府最基層的行政單位，其各項措施都深切影響政府的施政績效，因此本所全體同仁竭盡所能來為民服務，期能成為疾病的剋星，社區民眾的好夥伴，共同護衛美好生活的所在，營造淡水區成為大家快樂生活的｢健康城市｣。

勾勒金色淡水：潮來潮往中豐富的自然與人文

山光水色，海平面上的落日餘暉，美不勝收。承載悠悠的歷史，典藏豐厚的人文。
台北捷運淡水線通車後，人潮湧進了淡水城鎮，也帶來無限商機。居住環境的藍圖、經濟產業的結構和文教發展的內涵都因改變而沛然；淡水老街風光、獨特的國家級古蹟、內河藍色公路的客船碼頭、河上片片帆影，淡水鎮將再現「東方威尼斯」的昔日風華。
全球已超過4000個城市推動健康城市的計畫，達到全民健康的目標，在強化鎮民對健康的承諾與世界接軌的歷程中，淡水區衛生所有了積極努力的方向。

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